기본적으로 ETF 거래 시 발생하는 비용은 증권회사에 납부하는 매매수수료가 있습니다. 이는 증권사마다 또는 거래방법에 따라 그 수수료율이 달라질 수 있습니다. ETF투자 시 발생하는 또 하나의 비용은 운용사 등에게 지급하는 보수입니다. 다만 이 보수는 ETF의 순자산가치 산정에 포함되는 비용이기 때문에 매매 시 별도로 지급하지는 않습니다. 일반펀드투자 시 부과되는 선취보수나 환매수수료와 같은 추가적인비용은 발생하지 않습니다.

ETF의 시장가격과 해당 ETF의 순자산가치(Net Asset Value, NAV)와의 차이를 (가격)괴리율이라고 합니다. ETF의 특성상 일시적으로 시장가격과 순자산가치(NAV) 사이에 괴리가 발행할 수는 있으며 그 상태가 오래 지속되는 종목은 투자에 주의해야 합니다.
유동성공급자제도로 인하여 일반 투자자들은 유통시장(거래소)에서 실시간기준가에 근접한 가격에서 어려움 없이 ETF를 매매할 수 있습니다.

ETF가 투자하는 기초자산의 종류에 따라 각 ETF별로 배당정책이 결정됩니다. 통상, 국내주식형ETF의 경우 3개월 간격을 기준으로 배당재원이 있는 경우 배당금을 지급합니다.

ETF의 기초지수(패시브형 ETF의 경우) 또는 비교지수(액티브형 ETF의 경우)가 무엇인지를 알아보고 본인이 희망하는 투자목적이나 본인의 투자성향에 맞는지를 확인하셔야 합니다. 또한, ETF는 주식시장에서 주식과 동일한 방법으로 거래되기 때문에 거래수수료가 발생하며, 이에 따라 너무 잦은 매매는 과다한 수수료 부담을 발생시킬 수 있습니다. 마지막으로 시장에서 거래되는 ETF가격과 ETF의 순자산가치(NAV) 간에 괴리가 발생할 수 있음에 유의하셔야 합니다. 이상의 유의사항 이외에도 각 ETF별로 투자에 따른 고유 위험 등이 상이하므로 투자하시기 전에 ETF의 투자설명서 등에 소개된 투자위험을 충분히 숙지할 것을 권합니다.